Yürütme Kurulu, Bilim Kurulu’nun kararları uyarınca, Merkezin bilimsel, idari ve mali işlerini yürütmek, bu görevin gerektirdiği uygulamaya yönelik kararları almakla yükümlü organdır. Yürütme Kurulu üyeleri, Merkez Başkanının başkanlığında, yardımcısı ve aslî üyeler arasından Bilim Kurulunca seçilen dört üyeden oluşur. Ayda en az iki defa toplanır. Merkez Başkanı veya en az üç asli üyenin talebiyle olağanüstü toplantılar da yapabilir.

Gündem Merkez Başkanınca hazırlanır ve alınan kararlar Yüksek Kurum Başkanlığına sunulur.

Not: 2876 sayılı Kanunun 519 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile değiştirilen bazı hükümlerinin, Anayasa Mahkemesinin 25.11.1993 tarihli ve E.1993/51, K.1993/53 sayılı kararı ile iptal edilmesi üzerine, 2002 yılından itibaren kurullar oluşturulamamakta ve üyeler atanamamaktadır. Bu yasal boşluğun giderilmesi amacıyla hazırlanan “Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Kanunu’nda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Tasarısı”, 27.03.2005’te TBMM Başkanlığına sunulmuş olup, genel kurulda görüşülmeyi beklemektedir.

Merkezimizde şu ana kadar görev yapan Yürütme Kurulu üyeleri şunlardır:

1982-1987 
Ord.Prof.Dr.Aydın SAYILI (1913-1993)
(AKM Başkanı)
Dr.Müjgan CUNBUR
Prof.Dr.Emel DOĞRAMACI
Prof.Dr.Ahmet Edip UYSAL
Doç.Dr.Dursun YILDIRIM

1987-1990
Ord.Prof.Dr.Aydın SAYILI 
(AKM Başkanı)
Dr.Müjgan CUNBUR
Prof.Dr.Emel DOĞRAMACI
Prof.Dr.Nihat NİRUN
Prof.Dr.Sevim TEKELİ

1990-1993 
Ord.Prof.Dr.Aydın SAYILI  
(AKM Başkanı)
Dr.Müjgan CUNBUR 
Prof.Dr.Önder GÖÇGÜN 
Prof.Dr.Sadık TURAL 
Prof.Dr.Mübahat Türker KÜYEL 

1993-1998
Prof.Dr.Sadık TURAL  
(AKM Başkanı)
Recep BİLGİNER
Dr.Müjgan CUNBUR
Prof. Dr.Önder GÖÇGÜN
Prof.Dr.Mübahat Türker KÜYEL

1998-2001
Prof.Dr.Sadık TURAL
Recep BİLGİNER
Dr.Müjgan CUNBUR
Prof.Dr.Önder GÖÇGÜN
Prof.Dr.Mübahat Türkel KÜYEL