Atatürk Kültür Merkezinin Bilim ve Yürütme Kurulu olmak üzere iki ana organı vardır. Bilim Kurulu, Atatürk Kültür Merkezinin amaçlarını gerçekleştirmesi, görevlerini tam ve etkin biçimde yerine getirmesi için ilke kararları almakla yükümlüdür. Bilim Kurulu, Merkez Başkanının başkanlığında, yardımcısı ve asli üyelerden oluşur. Başkanın yokluğunda, Bilim Kuruluna Başkan Yardımcısı vekalet eder ve Başkanın çağrısı üzerine olağanüstü toplantılar da yapabilir.

Atatürk Kültür Merkezinin 40 asli üyesi vardır. Asli üyeler altı yıllığına seçilirler. Bu sayı, kuruluş safhasında 20 iken, 2876 sayılı Kanunun 76. maddesi gereğince, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumunun 18.10.1989 tarihli toplantısında, önce 30’a, 16.10.1995 tarihli toplantısında da 40’a çıkarılmıştır.

Bilim kurulu üyeleri, bilim ve uygulama kolları, yürütme kurulu, yayın komisyonlarında ve diğer komisyonlarda görev almaktadırlar.

Not: 2876 sayılı Kanunun 519 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile değiştirilen bazı hükümlerinin, Anayasa Mahkemesinin 25.11.1993 tarihli ve E.1993/51, K.1993/53 sayılı kararı ile iptal edilmesi üzerine, 2002 yılından itibaren kurullar oluşturulamamakta ve üyeler atanamamaktadır. Bu yasal boşluğun giderilmesi amacıyla hazırlanan “Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Kanunu’nda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun Tasarısı”, 27.03.2005’te TBMM Başkanlığına sunulmuş olup, genel kurulda görüşülmeyi beklemektedir.

Aslî üyeler için bk. Asli Üyeler